泉州市晋江洪水预警报中心成立于1997年10月，为全额财政拨款事业单位，成立之初为副科级建制，人员编制8名。2006年12月升格为正科级，人员定编12名。

晋江洪水预警报中心负责晋江流域洪水预警报系统的管理和维护、分析研究测报资料。提出有关防汛、防潮的科学依据和信息，业务工作接受泉州市防汛办的指导。晋江流域洪水预警报系统于1998年建成并投入运行，至2007年止，系统正式运行的共有1个中心站、12个分中心站、9个中继站和117个雨量、水位或风速风向等野外遥测站。从2005年开始，晋江洪水预警报中心又对系统进行了全面的补充和完善，在全省率先开展旱情监测系统试点工程建设及小型水库洪水预警报系统建设。